1960年3月,中国农业科学院土壤肥料研究所响应中共中央、国务院发出的“改良低产田”号召,会同湖南省农业厅、湖南省农科院等单位,在祁阳县文富市公社官山坪大队建立了“低产田改良联合工作组”。
1964年改为祁阳科学工作站。
1980年命名为中国农业科学院祁阳红壤改良实验站。
1983年经农牧渔业部批准,定名为“中国农业科学院衡阳红壤实验站”。我国著名土壤肥料与植物营养学家刘更另担任实验站首任站长。
2001年该站进入第一批国家重点野外台站(试点站)。
2005年该站被列为农业部重点野外科学试验站。
2006年正式成为国家重点野外台站。